Struktur dan muatan KTSP SMK ditetapkan melalui Peraturan Dirjen Dikdasmen Kemdikbud Nomor 07/D.D5/KK/2018 tentang Struktur Kurikulum SMK. Struktur Kurikulum Pendidikan Menengah Kejuruan berisi Muatan Umum yang terdiri atas: (A) Muatan Nasional dan (B) Muatan Kewilayahan yang dikembangkan sesuai kebutuhan wilayah dan (C) Muatan Peminatan Kejuruan yang terdiri atas Dasar Bidang Keahlian, Dasar Program Keahlian, dan Kompetensi Keahlian.
Struktur kurikulum SMK Muhammadiyah 1 Yogyakarta kelas XII berisi Muatan Nasional yang terdiri atas 7 Mata Pelajaran yaitu: (1) Pendidikan Agama dan Budi Pekerti; (2) Pendidikan Pancasila dan Kewarganegaraan; (3) Bahasa Indonesia; (4) Matematika; (5) Bahasa Inggris dan Bahasa Asing Lainnya; (6) Pendidikan Al-Islam, (7) Ciri Khusus. Muatan Kewilayahan berisi 1 Mata Pelajaran yaitu: (1) Bahasa Jawa,. Muatan Peminatan Kejuruan yang terdiri atas 1 kelompok, yaitu: (1) Kompetensi Keahlian.
Berdasarkan kompetensi inti disusun mata pelajaran dan alokasi waktu yang sesuai dengan karakteristik satuan pendidikan. Mata pelajaran wajib mencakup 12 (dua belas) mata pelajaran. Mata pelajaran pilihan untuk SMK terdiri atas pilihan akademik dan vokasional didalamnya terdiri pilihan sesuai dengan minat peserta didik. Beban belajar untuk SMK adalah 48 jam per minggu untuk kelas X dan XI, 52 jam untuk kelas XII. Dalam penetapan penjurusan sesuai dengan bidang/program/kompetensi keahlian mempertimbangkan Spektrum Pendidikan Menengah Kejuruan yang ditetapkan oleh Direktorat Jendral Pendidikan Menengah Kementrian Pendidikan dan Kebudayaan.
Kurikulum yang digunakan di SMK Muhammadiyah 1 Yogyakarta pada tahun pelajaran 2022/2023 menggunakan Kurikulum Merdeka untuk kelas X dan XI, dan Kurikulum 2013 revisi 2018 untuk kelas XII.